از روزی که فایلی از دکتر طباطبایی منتشر شد که یدالله موقن را با لفظ «مهندس» خطاب کرده بود، و تلقی او را از سکولاریسم ساده‌انگارانه انگاشته بود، کار روز و شب آقای موقن نقد طباطبایی شده است.

امّا هرچه بیشتر پیش می‌رود، عوض طباطبایی، به نقص دانش موقن بیشتر پی می‌بریم.

مطلب فوق را موقن در جهل نسبت به تحوّل مفهوم دانش در اروپای قرون وسطی نوشته است. طباطبایی هرگز خواهان همکاری حوزه و دانشگاه نبود! بلکه می‌گفت که دانشگاه‌های فرانسه و بریتانیا در تحول حوزه‌های علمیه پدید آمده اند. امّا در آلمان و ایران که سنّت دچار گسست است، عقلای قوم مجبور به تاسیس دانشگاه از صفر شده اند. در آلمان در این‌باره اندیشیده شده است، امّا در ایران تنها به واردات شعبه از دانشگاه‌های غربی بسنده شده است. طباطبایی در نقد وضعیّت عدم تولید علمِ ایران در این شعبه‌ها می‌گفت که دانشگاه‌های غربی به نظام سابق حوزه‌های علمیه ایران بیشتر شبیه اند تا دانشگاه‌های جدید ایران.