اقبالی در ۱ آبان ۱۳۵۹ در یک مأموریت برون‌مرزی به عنوان سرگروه با هدف بمباران یکی از سایت‌های رادار شهر موصل اعزام شد. دو فروند هواپیمای اف-۵ پس از رسیدن به منطقه و عدم مشاهده هدف نخست برای بمباران پادگان العقره در حوالی پایگاه هوایی کرکوک به عنوان هدف دوم، تغییر مسیر دادند. پس از بمباران این پادگان، در راه بازگشت هواپیمای وی مورد اصابت موشک قرار گرفت و در ۳۰ کیلومتری شرق موصل پس از ایجکت، سقوط کرد.
پس از سقوط هواپیما و دستگیریش، به دستور مؤکد صدام حسین مبنی بر برخورد شدید با خلبانان و فرماندهانی که لیستشان در فهرست سیاه ارتش عراق بود به دلیل ضربات مرگباری که این خلبان به نیروهای عراقی وارد آورده بود توسط یگانهای بعثی در محل استقرار نیروها، با طناب به دو جیپ بسته شده و بدنش را به دو نیم کرده آنگاه نیمی را در گورستان محافظیه شهر نینوا و نیمه دیگر آن را در قبرستان زبیر شهر موصل به خاک سپردند. پس از ۲۲ سال و با پیگیری کمیته جستجوی اسرا و مفقودین و کمیته بین‌المللی صلیب سرخ، در پنجم مرداد سال ۸۱ بازمانده پیکر سید علی اقبالی دوگاهه به ایران بازگشت و در قطعه شهدای جنگ ایران و عراق بهشت زهرا به خاک سپرده شد